A Comissão Científica é o órgão da FPE com funções de aconselhamento científico, promoção e coordenação de actividades científicas e tem como principais objectivos, entre outros,

• Preparar as posições da FPE em matérias científicas;
• Promover a investigação e o intercâmbio científico no seio da FPE;
• Aconselhar em matéria científica os restantes órgãos da FPE;
• Colaborar em acções de formação no domínio científico;
• Promover, realizar ou apoiar projectos de investigação científica;
• Colaborar com organismos afins, nacionais e estrangeiros.